Nagrody
Prof. P. Szefer jest laureatem nagród, w tym indywidualnej Nagrody Sekretarza Wydziału Nauk o Ziemi i Nauk Górniczych PAN, 9. Nagród Naukowych Ministra Zdrowia (indywidualnych i zespołowych), Nagrody Naukowej zespołowej Ministra Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa oraz powyżej 20. nagród Rektora AMG/GUMed. W roku 2006 uzyskał Nagrodę Naukową Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego w kategorii najlepszych prac opublikowanych w czasopiśmie Bromatologia i Chemia Toksykologiczna. W 2014 r. otrzymał indywidualną Nagrodę Ministra Zdrowia za całokształt dorobku, osiągnięcia w działalności naukowej, dydaktycznej i organizacyjnej.
Za osiągnięcia naukowe, dydaktyczne i organizacyjne został odznaczony m.in. Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Złotym Krzyżem Zasługi, Medalem Komisji Edukacji Narodowej, Medalem „Nagoya University School of Medicine”, Medalem 1000-lecia Miasta Gdańska, Medalem srebrnym 50-lecia Akademii Medycznej w Gdańsku, Medalem Zasłużonemu Akademii Medycznej w Gdańsku, Medalami okolicznościowymi PTFarm i MIR.
Nominacje
Prof. P. Szefer był nominowany do nagród międzynarodowych: Nagrody ‘NATO Science Partnership Prize’ oraz Nagrody ‘Baltic Sea Fund’.
Jego kandydatura była wielokrotnie zgłaszana do nagród krajowych, w tym Nagrody Naukowej Prezesa Rady Ministrów za wybitne osiągnięcia naukowe, Nagrody Nauk Medycznych PAN im. Jędrzeja Śniadeckiego, Nagrody Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za wybitne osiągnięcia naukowe w kategorii Badania Podstawowe oraz Nagrody Naukowej Miasta Gdańska im. Jana Heweliusza. Znamienna jest ocena jednego z recenzentów dotycząca przyznanych prof. P. Szeferowi nagród w związku z rekomendacją jego kandydatury do Nagrody Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za wybitne osiągnięcia naukowe. Otóż brzmi ona następująco: „Lista nagród otrzymanych przez prof. P. Szefera jest relatywnie skromna, jeśli odnieść się do Jego wybitnych dokonań naukowych, dydaktycznych i organizacyjnych.”.
Jego kandydatura była 3-krotnie wysuwana (2007 r., 2010 r., 2013 r.) przez Radę Wydziału Farmaceutycznego GUMed na członka korespondenta Wydziału Nauk Medycznych PAN, przy czym w 2007 r. została również niezależnie zgłoszona przez 5. członków rzeczywistych i korespondentów PAN, a także uzyskała pełne poparcie Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego oraz Komitetu Terapii i Nauk o Leku PAN.
Notki biograficzne w wydawnictwach encyklopedycznych
Współcześni Uczeni Polscy – Słownik biograficzny, Tom IV (2002)
Złota Księga Nauk Medycznych (2010)
Almanach 2016-2019, Komitet Chemii Analitycznej, red. B. Buszewski, R. Gadzała-Kopciuch, B. Godlewska-Żyłkiewicz, Warszawa (2016), str. 114-117
Encyklopedia Osobistości Rzeczypospolitej Polskiej, Oxford Encyklopedia Ltd, II (2016), str. 1132-1133